Проект воспитания девочек-волшебниц

Ринтаро Окабэ, студент, который имитирует образ сумасшедшего учёного, случайно создаёт устройство, способное отправлять текстовые сообщения в прошлое. Это происходит в его импровизированной лаборатории, расположенной в одном из районов Акихабары. Первоначально он воспринимает это как часть своей ролевой игры, однако серия экспериментов подтверждает реальность временных парадоксов, вызванных его действиями.

Ситуация осложняется, когда Окабэ становится свидетелем смерти исследователя Курисы Макисэ, но в результате отправки сообщения в прошлое обнаруживает её живой в изменившейся реальности. Для дальнейшего изучения феномена он привлекает в свою лабораторию нескольких человек, включая саму Курису Макисэ и своего друга Итару Хасиду. Совместными усилиями группа модифицирует устройство, получившее название «Телефонная микроволновка», что позволяет передавать не только сообщения, но и воспоминания человека в прошлое.

Деятельность группы привлекает внимание крупной научной организации СЕРН, которая также ведёт исследования в области путешествий во времени. Сотрудники СЕРН начинают слежку за лабораторией Окабэ, стремясь завладеть его разработками. Перед главными героями встаёт задача защитить своё открытие и разобраться в последствиях вмешательства в ход времени, которые с каждым новым экспериментом становятся всё более непредсказуемыми.