Детектив Конан: Худший из кошмаров

В ночное время в один из полицейских участков Японии проникает шпион. Его целью становятся агенты различных иностранных спецслужб, включая MI6, BND и ЦРУ, а также конфиденциальные материалы ФБР. Группа офицеров общественной безопасности во главе с Тору Амуро прибывает на место. Нарушитель, захватив транспортное средство, пытается скрыться, что приводит к преследованию на скоростной трассе. Ситуация создает угрозу масштабного дорожно-транспортного происшествия с участием нескольких автомобилей.

В ходе погони агент ФБР Шуичи Акай производит выстрел из снайперской винтовки, который выводит из строя машину шпиона, останавливая его. На следующее утро группа посещает недавно открывшийся после реставрации токийский аквариум. Там они находят молодую женщину с травмами и гетерохромией — разным цветом радужной оболочки глаз. Она страдает от полной потери памяти, не помнит своего имени, а её мобильный телефон неисправен.

Персонажи принимают решение помочь женщине восстановить воспоминания и остаются с ней. За их действиями из укрытия наблюдает Вермут, член тайной организации, чьи мотивы и дальнейшие планы остаются неясными.