Действие происходит в 2036 году в Японии, через двадцать лет после масштабной ядерной катастрофы. В результате аварии погибло множество людей, а значительные территории стали непригодны для жизни. Ученым удалось разработать технологию, которая позволяет людям не подвергаться воздействию радиоактивного излучения. Специальный отряд "Коппелион", состоящий из девушек, направляется в зону отчуждения для проведения расследования.
В ходе своей миссии отряд сталкивается с различными опасностями, включая высокий уровень радиации, разрушенную городскую инфраструктуру и мутировавшие формы жизни. Мутации затронули как местных животных, так и некоторых выживших людей, превратив их в агрессивных существ. Эти новые виды представляют постоянную угрозу для оставшихся в зоне гражданских лиц, организуя на них регулярные нападения.
По мере продвижения вглубь зараженной территории, участницы отряда "Коппелион" обнаруживают скрытые факты о причинах и обстоятельствах первоначальной катастрофы. Расследование приводит их к информации о том, кто несет ответственность за произошедшие события. Основными задачами группы становятся спасение выживших, нейтрализация угрозы со стороны мутантов и установление полной картины произошедшей двадцать лет назад аварии.