Действие происходит во вселенной Gundam, где события и персонажи связаны с исходной историей Mobile Suit Gundam. В оригинальном сериале молодой пилот Амуро Рэй сражался на стороне Земной Федерации против Княжества Зион, что привело к победе Федерации. Однако этот конфликт не принес стабильности. Его последствием стало формирование новой военизированной организации "Титаны" и ответного сопротивления — AEUG, или "Анти-Земного Союза".
AEUG ставит своей основной целью борьбу с репрессивным режимом "Титанов". В состав союза входят как бывшие пилоты Федерации, так и выходцы из Зиона. Спустя несколько лет, в 0087 году по универсальному веку, центральной фигурой событий становится Камил Видан. После задержания ему удается бежать, воспользовавшись экспериментальным мобильным доспехом Gundam Mk-II во время атаки сил AEUG на базу "Титанов". Однако эта удача оказывается временной, и Камил вскоре попадает в руки к повстанцам.
Оказавшись среди членов AEUG, Камил Видан сталкивается с необходимостью определить свои истинные allegiances в продолжающейся войне. Его личный выбор осложняется тем, что его родители работают на противоположной стороне конфликта. Персонажу предстоит переосмыслить понятия "свои" и "чужие", а его решения будут иметь непосредственные последствия для судеб близких ему людей.