Альтомар представляет собой столичный город, расположенный в водном пространстве. Этот населённый пункт известен не только своим внешним видом, но и местной легендой о двух уникальных покемонах, которые, согласно преданию, обитают в этой местности. Сюжет аниме фокусируется на путешествии тренера Эша Кетчума и его покемона Пикачу, которые прибывают в Альтомар. На территории города они встречают двух загадочных покемонов — Ратиасу и Ратиосу, которые являются братом и сестрой. Эти покемоны демонстрируют сильную взаимную связь, позволяющую им понимать эмоции друг друга без слов.
На Ратиасу и Ратиосу обращают внимание сёстры Занна и Рион, известные как охотники за покемонами. Они планируют захватить этих покемонов для своих целей. В процессе попытки поимки Занна и Рион вступают в конфликт с Эшем и его спутниками, которые вмешиваются, чтобы помешать охотникам. Ситуация осложняется тем, что легендарные покемоны, согласно информации, обладают способностью под названием "Капля души", применение которой может привести к затоплению Альтомара.
Дополнительной угрозой для города становится появление покемона Деоксиса, который проявляет агрессию по отношению к Альтомару. Основное развитие сюжета строится вокруг попыток Эша и его команды защитить Ратиасу и Ратиосу от охотников, одновременно разбираясь с причинами нападения Деоксиса и потенциальной опасностью, исходящей от способности легендарных покемонов. Исход этих событий определяет судьбу города и его обитателей.