Семнадцатилетний Шиничи Кудо, известный своими дедуктивными способностями, становится свидетелем незаконной деятельности членов преступной группировки. После того как его обнаруживают, Шиничи принуждают принять неизвестную таблетку, после чего он теряет сознание. Придя в себя, он обнаруживает, что его тело физически уменьшилось до размеров семилетнего ребенка.
Чтобы скрыться от преследующих его мафиози, Шиничи принимает решение обратиться к своей подруге детства, Ран Мори. Он селится в её доме под вымышленным именем. Отец Ран, Когоро Мори, руководит частным детективным агентством, что предоставляет Шиничи возможность оставаться вблизи от расследований различных преступлений.
Сохранив свои интеллектуальные способности и знания, Шиничи начинает тайно помогать в раскрытии дел, используя Когоро Мори в качестве прикрытия. Параллельно с расследованиями он ищет информацию об организации, которая его преследует, и способ вернуть себе прежнее тело.